Judul Tesis : Deteksi Mutasi Gen Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Menggunakan Metode PNA-LNA PCR Clamp pada Cell Line Pc9, Pc3, H1975 dan H1299
A. Latar Belakang
Kanker paru merupakan penyebab kematian terbanyak karena kanker. Sebanyak sepertiga kematian karena kanker di seluruh dunia disebabkan kanker paru. Sedangkan di Amerika Serikat (AS), kanker merupakan penyebab kematian kedua terbanyak dengan tingkat mortalitas tertinggi adalah kanker paru. Saat ini paradigma terapi telah bergeser enjadi lebih rasional ke arah terapi target dengan penemuan obat anti kanker yang baru. Agen terapi target yang bekerja menghambat jalur sinyal Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) yakni Tyrosin Kinase Inhibitor (TKI) seperti gefitinib dan erlotinib telah mulai digunakan dan menjadi contoh pergeseran paradigma terapi.
Peningkatan sensitifitas terhadap pemberian TKI berkaitan dengan mutasi gen EGFR. Mutasi gen EGFR dengan domain tirosin kinase pada ekson 18-24 berkorelasi secara bermakna terhadap pemberian gefitinib. Sehingga mutasi gen EGFR berperan sebagai faktor prediktif pemberian TKI. Pemeriksaan penanda biomolekuler mutasi gen EGFR membantu pemilihan pasien yang akan respons terhadap pemberian TKI. Namun, terdapat kendala dalam implementasi di tingkat klinik termasuk pemeriksaan yang masih bervariasi tergantung sumber daya di masing-masing institusi. Standar baku emas pemeriksaan mutasi gen EGFR adalah menggunakan metode direct sequencing. Namun masih dijumpai beberapa tantangan dalam pelaksanaan sehari-hari seperti waktu pengerjaan yang lama serta membutuhkan sampel dengan sel kanker yang banyak. Selain itu, dibutuhkan juga fasilitas yang lengkap dan tenaga terampil dalam menjalankannya.
B. Perumusan Masalah
“Apakah metode PNA-LNA PCR Clamp dapat mendeteksi mutasi gen EGFR pada cell line PC9, PC3, H1975, dan H1299?”
C. Tinjauan Pustaka
Karsinogenesis
Karsinogenesis merupakan proses beberapa tahap seperti pajanan karsinogen, aktivasi karsinogenm inaktivasi dan ekskresi karsinogen, perbaikan DNA, mutasi gen, gene silencing dengan metilasi atau asetilasi histon, induksi ketidakstabilan genomik, hilangnya kontrol proliferasi, hilangnya sensitifitas apoptosis, hilangnya ketergantungan faktor pertumbuhan eksogen, serta induksi angiogenesis. Kanker paru tumbuh setelah terjadi beberapa seri pengubahan morfologi, progresi epitel normal mulai dari hiperplasia, metaplasia, displasia, karsinoma insitu, kanker invasif dan akhirnya metastasis.
Jalur Sinyal Gen EGFR
Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) merupakan reseptor tirosin kinase yang termasuk dalam kelompok reseptor ErbB yakni EGFR (HER1/ErbB- 1), HER2(ErbB-2/neu), HER3 (ErbB-3) dan HER4 (ErbB-4).21 Ligan yang dapat berikatan dengan EGFR dibagi menjadi tiga grup yakni Epidermal Growth Factor (EGF), Transforming Growth Factor-β (TGF-β), dan amfiregulin yang akan berikatan di segmen N-terminal ekstraselular EGFR. Ketika ligan berikatan dengan reseptor akan menyebabkan dimerisasi sehingga domain C-terminal tirosin kinase intraseluler saling berdekatan menyebabkan fosforilasi. Hal ini mengakibatkan aktivasi protein pembawa pesan yang mengandung Src homology 2 (SH2) ataupun domain phosphotyrosine binding (PTB) akan memicu aktivasi jalur multipel selanjutnya.
Mutasi gen EGFR
Dalam analisis mutasi gen EGFR, metode direct sequencing merupakan standar baku emas yang telah digunakan secara luas. Dengan metode ini semua mutasi yang telah diketahui ataupun yang baru akan terdeteksi. Dari berbagai studi yang dilaporkan oleh Mitsudomi dkk, Rosell dkk, Mok dkk, serta Maemondo dkk terungkap mutasi gen EGFR merupakan faktor prediktif tingkat respons dan ketahanan hidup terhadap pemberian TKI. Durasi dan tingkat respons pemberian TKI pada pasien dengan mutasi gen EGFR bervariasi. Sekitar 70% pasien dengan mutasi gen EGFR respons terhadap pemberian TKI sebaliknya hanya sekitar 10% pasien tanpa mutasi gen EGFR yang respons terhadap pemberian mutasi gen EGFR.
D. Metodologi Penelitian
Populasi target penelitian adalah cell line tumor. Populasi terjangkau penelitian ini adalah cell line tumor paru dengan jenis adenokarsinoma atau Kanker Paru Karsinoma Bukan Sel Kecil (KPKBSK) dan tumor selain tumor paru dengan jenis adenokarsinoma.
Sampel penelitian adalah cell line PC9 (adenokarcinoma), PC3 (kanker prostat jenis adenokarsinoma), H1975 (KPKBSK), dan H1299 (KPKBSK).
Sampel cell line dikumpulkan lalu dilakukan isolasi DNA. Setelah itu dilakukan pemeriksaan kadar DNA dengan spektrofotometer dan konsentrasi yang dibutuhkan adalah 25 ng sehingga konsentrasi akhir adalah 1 ng/μl. Data diolah menggunakan piranti lunak SmartCycler.
E. Kesimpulan
- Metode PNA-LNA PCR Clamp dapat mendeteksi mutasi gen EGFR pada cell line PC9, PC3, H1975, dan H1299.
- Cell line PC9 mengandung mutasi delesi ekson 19 tipe 1 (E746- A750del), PC3 mengandung mutasi delesi ekson 19, H1975 mengandung mutasi ekson 20 T790M dan ekson 21 L858R sedangkan H1299 tidak mengandung jenis mutasi.
- Metode PNA-LNA PCR Clamp dapat digunakan sebagai metode alternatif dalam mendeteksi mutasi gen EGFR pada cell line.
Contoh Tesis Gen Epidermal Growth Factor Receptor
- Deteksi Mutasi Gen Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Menggunakan Metode PNA-LNA PCR Clamp pada Cell Line PC9 PC3 H1975 Dan H1299