Hubungi Kami di WA 08-951-951-3333

Diversitas Genetik Sapi Berdasarkan Polimorfisme pada Fragmen ND-5 DNA Mitokondria

Judul Skripsi : Diversitas Genetik Sapi Peranakan Ongole (Po), Sapi Aceh, dan Sapi Sumbawa Berdasarkan Polimorfisme pada Fragmen ND-5 DNA Mitokondria dengan Teknik PCR-RFLP

 

A. Latar Belakang

Penelitian identifikasi pada fragmen ND-5 DNA mitokondria sapi Benggala (Peranakan Ongole) telah dilakukan oleh Lelana et al (2003) menunjukkan adanya variasi genetik (polimorfisme) ditemukan pada fragmen ND-5 DNA mitokondria menggunakan enzim restriksi Hind III pada sapi Benggala (Peranakan Ongole) dan Madura, tetapi penelitian tentang polimorfisme DNA mitokondria fragmen ND-5 sapi Aceh dan Sumbawa belum dilakukan. Oleh karena itu identifikasi polimorfisme fragmen ND-5 DNA mitokondria sapi Aceh dan Sumbawa perlu dilakukan agar dapat diketahui polimorfisme yang terjadi.

Polimorfisme merupakan ekspresi dari gen dan dapat digunakan untuk menganalisis keadaan genetik suatu populasi. Polimorfisme dalam populasi ditentukan oleh lokus-lokus yang mempunyai nilai heterozigositas yang tinggi. Dinyatakan oleh Sartika et al (1997), heterozigositas adalah nilai polimorfisme dari populasi ternak. Semakin tinggi nilai heterozigositas maka semakin tinggi pula polimorfisme yang terjadi. Demikian pula sebaliknya semakin rendah nilai heterozigositas, maka semakin rendah polimorfismenya (Sumantri et al., 2008). Nilai ini dapat menunjukkan hubungan inter dan antar populasi ternak tersebut (Sartika,  1997). Melalui analisis polimorfisme pada fragmen ND-5 DNA Mitokondria sapi Peranakan Ongole, sapi Aceh dan sapi Sumbawa dapat diketahui sebaran genotip sapi Peranakan Ongole, sapi Aceh dan sapi Sumbawa. Sehingga nantinya dapat dimanfaatkan sebagai Marker Assited Selection (MAS)/penciri genetik dalam upaya menseleksi sifat produksi dengan nilai ekonomi tinggi yang kemudian digunakan sebagai dasar penentuan seleksi pada program pemuliaan dalam upaya meningkatkan kualitas dan kuantitas produki sapi.

 

B. Perumusan Masalah Skripsi

  1. Bagaimana polimorfisme pada fragmen ND-5 DNA mitokondria antara sapi Peranakan Ongole, sapi Aceh, dan sapi Sumbawa?
  2. Bagaimana Diversitas haplotipe sapi Peranakan Ongole, sapi Aceh, dan sapi Sumbawa?

 

C. Tujuan Penelitian

  1. Mengetahui polimorfisme pada fragmen ND-5 DNA mitokondria antara sapi sapi Peranakan Ongole, sapi Aceh dan sapi Sumbawa.
  2. Mengetahui Diversitas haplotipe sapi Peranakan Ongole, sapi Aceh dan sapi Sumbawa.

 

C. Kesimpulan

1. Polimorfisme pada fragmen ND-5 DNA mitokondria terdapat pada sapi Peranakan ongole dengan terbentuknya dua macam haplotipe yaitu haplotipe A dan B sedangkan pada sapi Sumbawa dan sapi Aceh tidak terdapat polimorfisme, hal ini terbukti dengan hanya terbentuk haplotipe A saja pada sapi Sumbawa dan haplotipe B pada sapi Aceh

2. Diversitas haplotipe sapi Peranakan Ongole sebesar 0.6250 sedangkan sapi Sumbawa dan sapi Aceh tidak terdapat diversitas haplotipe.

 

E. Saran

1. Dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel yang lebih banyak dengan daerah pengambilan sampel yang tersebar agar data yang di peroleh benar-benar dapat mewakili populasi sapi yang diteliti.

2. Dilakukan penelitian lanjut sampai tingkat sequencing DNA sehingga diketahui runutan nukleotida gen ND-5 DNA Mitokondria untuk mengetahui sebab dari polimorfisme yang terjadi.

3. Dilakukan penelitian lanjut pada lokus-lokus gen hormon pertumbuhan, gen cytochromeb dan D-loop mtDNA dan pengamatan fenotif pada sampel sapi yang diteliti sebagai data pendukung penelitian ini, sehingga keseluruhan data-data tersebut dapat menjadi acuan pemilihan bibit unggul dalam upaya peningkatan kualitas dan kuantitas produksi sapi lokal Indonesia.